Keď sa pätnásť členských štátov stretlo na medzivládnej konferencii, aby v roku 1996 prerokovali a pripravili novú zmluvu, politické špičky vedeli, že čoskoro sa únia rozrastie o nových desať členov. Malo ísť o najväčšie rozšírenie, ktorým kedy únia prešla. Z medzivládnej konferencie tak vzišla takzvaná Amsterdamská zmluva alebo Maastricht II (pred Amsterdamskou zmluvou prijali štáty v roku 1992 Maastrichtskú zmluvu), ktorá mala európske spoločenstvo pripraviť na očakávajúci a blížiaci sa nárast. Predstavitelia členských krajín EÚ ju podpísali druhého októbra 1997 a so platnosti vstúpila prvého mája 1999.

Cieľom Amsterdamskej zmluvy teda bolo pozmeniť fungovanie európskych inštitúcií tak, aby bola EÚ schopná rozšíriť sa. Očakávalo sa dvanásť kandidátov pripravených pristúpiť v dvoch vlnách. Amsterdam jednak doterajšie zmluvy sprehľadnil tak, že odstránil písmená a jednotlivé body zmlúv prečísloval. V rámci zmluvy sa taktiež zaviedlo opatrenie na boj proti nezamestnanosti a jedným z hlavných bodov bol i model takzvanej viacrýchlostnej Európy. V praxi išlo o to, aby rýchlejšie jadro štátov nenarúšalo úniu ako celok a zároveň ak štát nesúhlasí s nejakou akciou, aby zároveň nezdržiaval ostatných a nechal ich konať, hoci on sám sa na akcii podieľať nechce. Také fungovanie zaviedol Amsterdam napríklad do spoločnej zahraničnej a bezpečnostnej politiky. Novinkou je taktiež úrad Vysokého zmocnenca v spoločnej zahraničnej a bezpečnostnej politike.

Amsterdamská zmluva taktiež prestavala Maastrichtský chrám, ktorý v rámci Maastrichtskej zmluvy tvorili tri piliere. Prvý pilier obsahoval spoločný trh, menovú a hospodársku úniu a európske občianstvo, pričom právomoci patrili výhradne Európskej únii. Druhý pilier bol daný do rúk členských štátov a jeho náplňou bola najmä spoločná zahraničná politika. V treťom pilieri bola obsiahnutá justícia a vnútro. Amsterdamská zmluva rozšírila prvý pilier o vnútro, sociálnu agendu a zaradila doň i schengenský priestor. V príprave na doposiaľ najväčšie rozšírenie EÚ však zlyhala a jeho nedostatky musela riešiť ďalšia zmluva – Zmluva z Nice.