Gustáv Krajči (HZDS), kauza zmareného referenda
Vo februári 1999 parlament súhlasil s trestným stíhaním poslanca HZDS kvôli tomu, že keď bol ministrom vnútra, referendum o priamej voľbe prezidenta a členstve SR v NATO malo byť zmarené. Krajči čelil obvineniu zo zneužitia právomocí verejného činiteľa a podvodu. Kvôli Mečiarovým amnestiám sa vo vyšetrovaní nemohlo pokračovať.

Ivan Lexa, zavlečenie prezidentovho syna a iné
Poslanec HZDS a exriaditeľ SIS bol zbavený imunity vo februári 2000. Polícia ho chcela stíhať pre viacero skutkov. Bol prvým poslancom, ktorého kolegovia vydali na väzobné stíhanie. V kauze zavlečenia Michala Kováča ml. ho chránili Mečiarove amnestie, v ostatných prípadoch (napr. triptych, mŕtve duše, sabotáž, likvidácia zbraní) ho súdy postupne oslobodili.

Viliam Soboňa, kúpele Sliač a Kováčová
V máji 2003 vydali do rúk polície poslanca ĽS-HZDS. Bývalého šéfa Kúpeľov Sliač a Kováčová vyšetrovateľ stíhal pre finančné machinácie v sprivatizovaných kúpeľoch. Prokuratúra neskôr kauzu zastavila.

Gabriel Karlin (ĽS-HZDS), korupcia
Bol zbavený imunity v novembri 2003. Vyšetrovateľ ho obvinil z brania úplatku, pričom vo väzbe strávil tri mesiace. Najskôr mu súd vymeral ročný trest, v septembri 2009 ho však spod obžaloby oslobodili.