V tom čase nezávislý poslanec slovenského parlamentu Robert Fico predstavil 29. októbra 1999 nový politický subjekt s názvom Smer. Predtým 16. januára 1999 abdikoval na post prvého podpredsedu Strany demokratickej ľavice (SDĽ) pre nezhody s výkonom praktickej politiky ľavicovej strany. Na Ministerstve vnútra Slovenskej republiky zaregistrovali Smer 8. novembra 1999.
Ustanovujúci snem Smeru sa uskutočnil 11. decembra 1999 v Stupave. Delegáti za predsedu zvolili Roberta Fica, ktorý je lídrom strany dodnes.
Najsilnejšou ľavicovou (sociálnodemokratickou) stranou na Slovensku sa Smer stal v roku 2005. Sociálnodemokratická strana Slovenska (SDSS), Strana demokratickej ľavice (SDĽ) a Sociálnodemokratická alternatíva (SDA) ukončili k 1. januáru 2005 svoju činnosť a začlenili sa do strany Smer, ktorej názov sa neskôr zmenil na Smer - sociálna demokracia (Smer-SD).
Prvých parlamentných volieb sa strana zúčastnila v septembri v roku 2002. So ziskom 13,46 percenta hlasov, čo znamenalo 25 poslaneckých kresiel v Národnej rade Slovenskej republiky (NR SR), sa Smer stal najsilnejšou opozičnou stranou.
Už pod skratkou Smer-SD prijali stranu 19. mája 2005 v Paríži za plnoprávneho člena Strany európskych socialistov (PES). Okrem toho je strana členom Socialistickej internacionály ako najväčšej politickej organizácie na svete.
Prvá vláda
V predčasných parlamentných voľbách v roku 2006 získal Smer-SD 29,14 percenta hlasov, čím dosiahol 50 poslaneckých kresiel. Na základe výsledkov volieb poveril vtedajší prezident Ivan Gašparovič 20. júna 2006 predsedu Smeru-SD Roberta Fica zostavením vlády. Za svojich koaličných partnerov si Smer-SD vybral Ľudovú stranu - Hnutie za demokratické Slovensko (ĽS-HZDS) a Slovenskú národnú stranu (SNS).
Novú vládu na čele s premiérom Robertom Ficom vymenoval Gašparovič 4. júla 2006. Vo vláde premiéra Roberta Fica obsadili 11 ministerských kresiel nominanti strany Smer-SD. Z dôvodu vstupu do koalície s SNS pozastavilo 12. októbra 2006 Predsedníctvo PES na 10 mesiacov členstvo strane Smer-SD vo svojich radoch.
Toto rozhodnutie odôvodnila parlamentná frakcia tvrdením, že "nemôže akceptovať člena, ktorý tvorí koalíciu s nacionalistickou, xenofóbnou stranou". Strana Smer-SD sa stala znovu plnoprávnym členom PES 7. decembra 2009 na 8. kongrese v Prahe.
Víťaz v opozícii
Ešte lepší výsledok dosiahol Smer-SD v parlamentných voľbách v roku 2010, keď získal 34,79 percenta hlasov a v parlamente 62 poslaneckých kresiel. Strana však nenašila koaličného partnera na zostavenie vlády, a tak prešla do opozície.
Vo voľbách do Európskeho parlamentu (EP) v roku 2009 získal Smer-SD 32,01 percenta hlasov. Poslancami EP sa stali Monika Beňová, Boris Zala, Vladimír Maňka, Monika Smolková a Katarína Neveďalová. Po posledných voľbách do EP v roku 2014 svoje poslanecké mandáty obhájili Monika Beňová, Boris Zala, Vladimír Maňka a Monika Smolková.
V prezidentských voľbách v roku 2004 a 2009 podporil Smer-SD Ivana Gašparoviča.
Rekordné víťazstvo
Jednotkou na kandidátke strany Smer-SD v predčasných voľbách do NR SR 10. marca 2012 bol Robert Fico. Víťazom volieb, poznačených aj kauzou Gorila, sa stal Smer-SD so ziskom 44,41 percenta hlasov, čo mu prinieslo 83 poslaneckých mandátov. Vtedajší prezident SR Ivan Gašparovič poveril 15. marca 2012 predsedu Smeru-SD Fica zostavením novej vlády.
Lídri zvyšných piatich politických strán odmietli možnosť ísť so Smerom-SD do spoločnej koalície. Vznikla tak jednofarebná vláda, ktorú Gašparovič vymenoval 4. apríla 2012.
Neúspech v prezidentských voľbách
V decembri 2013 oznámil predseda strany a premiér Robert Fico svoj záujem kandidovať za prezidenta SR. Dňa 15. marca 2014 so ziskom 28 percent hlasov postúpil do druhého kola prezidentských volieb.
V ňom mu voliči odovzdali 40,6 percenta hlasov, čo nestačilo na víťazstvo. Úspešnejší kandidát Andrej Kiska získal totiž 59,4 percenta hlasov. Robert Fico tak ostal premiérom.
Súčasná vláda
Víťazom parlamentných volieb v marci 2016 sa opäť stal Smer-SD. Prezident SR Andrej Kiska poveril 9. marca zostavením vlády predsedu strany Smer-SD Fica. Tomu sa podarilo dohodnúť so stranami Most-Híd, Slovenskou národnou stranou (SNS) a stranou Sieť. Koaličnú dohodu s lídrami týchto strán podpísal Fico 22. marca 2016.
V koaličnej vláde, ktorú v súčasnosti tvoria už len tri strany (Smer-SD, SNS, Most-Híd), má Smer-SD okrem premiéra, ktorým je Robert Fico aj sedem ministrov.
Ministrom vnútra je Robert Kaliňák, ministrom hospodárstva Peter Žiga, rezort práce, sociálnych vecí a rodiny riadi Ján Richter, ministrom zdravotníctva je nominant Smeru-SD Tomáš Drucker, ministrom kultúry Marek Maďarič, na čele rezortu financií stojí Peter Kažimír a šéfom slovenskej diplomacie je tiež nominant strany Miroslav Lajčák. Post podpredsedu vlády SR pre investície a informatizáciu zastáva Peter Pellegrini.
Vo vedení Smeru-SD sú okrem predsedu strany Roberta Fica šiesti podpredsedovia: Robert Kaliňák, Juraj Blanár, Peter Žiga, Marek Maďarič, Peter Pellegrini a Peter Kažimír.
Generálnym manažérom Smeru-SD je Ján Richter a členom vedenia strany je aj Vladimír Faič. Predsedom poslaneckého klubu Smeru-SD v NR SR je súčasný podpredseda parlamentu Martin Glváč.